液相芯片技术的原理与应用进展
液相芯片,也称为微球体悬浮芯片(suspension array,liquid chip),是基于xMAP(flexible Multi Analyte Profiling)技术的新型生物芯片技术平台,它是在不同荧光编码的微球上进行抗原 抗体、酶 底物、配体 受体的结合反应及核酸杂交反应,通过红、绿两束激光分别检测微球编码和报告荧光来达到定性和定量的目的,一个反应孔内可以完成多达100种不同的生物学反应,是继基因芯片、蛋白芯片之后的新一代高通量分子检测技术平台。
迄今为止十年时间,全球已有数百套基于xMAP技术的检测平台用于免疫学、蛋白质、核酸检测、基因研究等领域,该技术已成为一种新的蛋白质组学和基因组学研究工具,也是最早通过美国食品与药物管理局(FDA)认证的可用于临床诊断的生物芯片技术。
1 液相芯片技术的原理
液相芯片体系由许多大小均一的圆形微球(直径5.5~5.6 μm)为主要基质构成,每种微球上固定有不同的探针分子,将这些微球悬浮于一个液相体系中,就构成了一个液相芯片系统,利用这个系统可以对同一个样品中的多种不同分子同时进行检测,这种被称之为xMAP的检测技术是1997年由美国Luminex公司开发出来的。
在液相系统中,为了区分不同的探针,每一种固定有探针的微球都有一个独特的色彩编号,或称荧光编码。在微球制造过程中掺入了红色和橙色两种荧光染料(这两种染料各有10种不同区分),从而把微球分为100种不同的颜色,形成一个具有独特光谱地址的含有100种不同微球的阵列。不同颜色微球在分类激光激发下产生的荧光互不相同,这种分类荧光是识别不同微球的唯一途径。利用这100种微球,可以分别标记上100种不同的探针分子。
检测时先后加入样品和报告分子与标记微球反应,样品中的目的分子(待检测的抗原或抗体、生物素标记的靶核酸片段、酶等)能够与探针和报告分子特异性结合,使交联探针的微球携带上报告分子藻红蛋白,随后利用仪器(如Luminex 100)对微球进行检测和结果分析。Luminex 100采用微流技术使微球快速单列通过检测通道,并使用红色和绿色两种激光分别对单个微球上的分类荧光和报告分子上的报告荧光进行检测。红色激光可将微球分类,从而鉴定各个不同的反应类型(即定性);绿色激光可确定微球上结合的报告荧光分子的数量,从而确定微球上结合的目的分子的数量(即定量)。因此,通过红绿双色激光的同时检测,完成对反应的实时、定性和定量分析。
2 液相芯片技术的优点
液相芯片技术最突出的优点在于:仅需少量样本即可同时定性、定量检测同一样本中的多种不同目的分子,即多重检测(multiplexing)。具体说来,与常规免疫学或核酸检测方法相比,液相芯片技术具有以下显著优点。
2.1 高通量
可对同一样本中的多种不同目的分子同时进行实时、定性、定量分析。从理论上说,如果不存在交叉反应,检测的通量等于微球的种类数,目前最多可达到100种。这远胜过一次只能检测一个项目的传统免疫分析法。
2.2 样本用量少
由于在同一个反应孔中可以同时完成100种不同的生物学反应,所以大大节省了样本用量,少至1μl的样本即可检测,非常适合分析小体积稀有样品。
2.3 操作简单、快速
由于是基于液相反应动力学,因此反应速度快,孵育时间比传统的固相检测短。进行免疫学分析时,若使用高亲和力抗体,2~3 h内即完成检测,而核酸杂交分析在PCR扩增后1 h内可得到结果。
2.4 灵敏度高
微球表面积大,每个微球上可包被100 000个捕获抗体,如此高密度的捕获抗体保证了能够最大程度地与样本中的抗原分子结合,提高检测灵敏度。最低检测浓度可达到0.1 pg/ml.
2.5 检测范围广
可达3~5个数量级(如Bio Rad公司细胞因子检测试剂盒的检测范围达到0.2~32 000 pg/ml,样品无需浓缩或稀释。
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2.6 特异性强
无需洗涤就能够自行将和微球结合的与未结合的分子区分开来,只读取单个微球上的荧光信号,信噪比好。
2.7 准确性高
微球上的报告分子荧光强度与结合的待测分子成正比。由于液相芯片技术的检测范围大,因此不需要象ELISA检测中那样需将样本多倍稀释,从而减小了误差。
2.8 重复性好
这是由于:第一,与ELISA依靠酶放大作用的比色读数相比,液相芯片技术中的荧光读值更加直接、稳定、灵敏;第二,每种微球检测100个,最终取荧光强度的中值作为结果,这相当于对每个样本重复检测了100次,而ELISA仅为双复孔或三复孔,因此液相芯片检测结果的准确性和重复性是ELISA无法比拟的。
2.9 费用低
同时检测一个样本中的多项指标可节约时间、样本、试剂、耗材和劳动(比ELISA法低10~100倍),降低检测成本,同时还提高了分析效率,仅需少量样本即可获得大量信息。目前同时检测10项细胞因子的液相芯片试剂的费用大约为$1300/96孔($130/项/96孔),这比检测单项指标的ELISA试剂的成本($500/项/96孔)低得多,而且还可随检测指标的增加而进一步降低费用。
2.10 灵活
适用于各种蛋白质和核酸的分析。商品化试剂盒的使用者只需增减探针交联微球和标记分子即可满足不同检测项目的需要。
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3 液相芯片技术的应用进展
液相芯片是继平面芯片之后的一种新型芯片技术,是一种非常灵活的多元分析平台,在核酸、蛋白质等生物大分子的大规模分析中具有巨大的应用潜力,可用于免疫分析、核酸研究、酶学分析、受体配体识别分析等众多领域的研究,蛋白质蛋白质相互作用、蛋白质核酸相互作用分析等都可以在同一个平台上实现。
鉴于液相芯片技术在高通量定性和定量检测上令人瞩目的优势,目前它在基因组学研究、蛋白质组学研究、药物开发、基础研究和临床诊断等方面的应用十分广泛,近几年来以此为平台的产品开发和应用十分活跃,研究者既可以根据研究需要自行制备探针交联微球,建立反应体系,也可使用种类繁多的商品化试剂盒进行分析。大体说来,液相芯片技术的应用包括两大部分:液相蛋白芯片和液相基因芯片,前者主要是基于抗原抗体反应,而后者实质为核酸杂交。现将液相芯片技术在检测细胞因子、病原微生物、基因突变以及HLA、基因表达分析、细胞信号转导途径研究等方面的应用综述如下:
3.1 定量检测细胞因子
细胞因子参与多种免疫机能,某些细胞因子具有相同功能,并且调节其它细胞因子的合成和分泌,因此同时检测多种细胞因子有利于全面判断机体免疫功能、了解分子水平的免疫调节机制,在疾病的诊断、病程观察、疗效判断及细胞因子治疗监测方面有重要意义,还可用于研究发病机制、药物作用机理和药物临床试验。
目前最常用于检测体液和细胞培养上清中细胞因子的方法有ELISA、TRFIA等,这些方法灵敏度、特异性和准确性都较好,但是也存在一些局限:每次仅能检测一种细胞因子,如果需要同时分析多种细胞因子,则检测费用较为昂贵并且费时,完成检测所需的样本量较大,非常浪费,对于一些量少的样本(如鼠血清、儿童患者标本)就比较困难。能够同时检测数种细胞因子的方法有RTPCR、Northern Blot等,但它们均不能准确定量分泌性细胞因子,而且每次检测的细胞因子数目有限。
用传统方法检测多种细胞因子时,要求的样品量多,费用高,ELISA的检测范围仅1~2个数量级,而液相芯片可同时检测同一样品中的多种分子,而且具有特异、快速、灵活、重复性好的特点,其检测范围为3~4个数量级,检测灵敏度也远胜于ELISA,其优势是显而易见的。因此定量检测细胞因子成为目前液相芯片技术应用最为活跃和广泛的领域之一,尤其是2004年以来,随着市场上越来越多的商品化试剂盒的涌现,液相芯片技术检测细胞因子的文献报道数量迅猛增加,大有取代常规ELISA方法之势。
de Jager[1]自行制备抗体交联微球,同时检测了人血浆和关节滑液中的30种细胞因子、趋化因子和粘附分子,其检测灵敏度为1.0~26.4 pg/ml,检测范围达4个对数值;检测添加上述分子正常人血浆的回收率为83%~119%,平均批内变异系数为8.1%,平均批间变异系数为11.4%;液相芯片与ELISA法检测结果的相关系数R2为0.88~0.99。
国外多家公司已推出了商品化的细胞因子液相芯片检测试剂盒,比如R&D 公司的Flurokine MAP系列、Linco Research公司的LINCOplex 试剂盒、BioSource公司的Antibody Bead Kit、Bio Rad公司的Bio Plex系列等,可用于来自人、小鼠、大鼠的样品,既有一次检测单种细胞因子的试剂盒,也有预先混合多种细胞因子抗体交联微球而一次检测多个指标者,研究者还可根据自身需要自行选购某几种交联微球。
这些试剂盒在检测灵敏性、准确性、可靠性等方面都具有很好的性能,如Bio Rad公司的Bio Plex细胞因子检测试剂盒,其灵敏度可达2~4 pg/ml,最高检测浓度可达16 000~32 000 pg/ml,线性检测范围为3~5个数量级,批内和批间变异系数小于10%。不过这些试剂盒均未获得FDA用于体外诊断的批准,仅限于实验研究用途。如Funding[2] 用Bio Rad公司的Bio Plex试剂盒同时定量测定角膜移植排斥患者房水中的17种细胞因子,发现这些患者的细胞因子水平显著增高。Szodoray[3]用Biosource公司的试剂盒检测了9名原发性Sjogren综合征患者血浆中可能与细胞死亡有关的25种细胞因子水平,发现某些细胞因子水平在患者与健康人之间差异显著,作者认为能同时检测多种细胞因子的液相芯片技术可成功用于诊断Sjogren综合征及个性化抗细胞因子治疗。
与传统ELISA方法相比,液相芯片除了能同时检测细胞培养上清、血清、血浆、全血、组织匀浆液、泪液、脑脊液甚至新生儿干血斑等标本中的多种细胞因子,一次检测即可确定Th1/Th2特异性免疫应答,能为了解免疫应答中的细胞因子分泌情况提供更为全面的信息外。
还至少具有以下优点:①比ELISA灵敏度更高,标准曲线在更低的浓度仍能保持线性:这是因为液相芯片与ELISA依靠酶放大作用的间接检测相比,荧光读值更直接、稳定、灵敏;此外,液相芯片检测中洗涤更彻底,微球表面积小,减少了非特异性结合;而且交联抗体是共价结合于微球上,这不同于ELISA依靠疏水作用通过物理吸附与固相载体结合。②比ELISA更准确:液相芯片最后报告的荧光值为100个微球荧光检测结果的中值,相当于重复进行了100次检测。③更经济:一次可对10~20余种细胞因子进行定量分析,检测单种细胞因子的试剂用量显著降低,样本需要量少(最多仅需100 μl),而ELISA检测同样数目的细胞因子需要数毫升样本。据估算,同时检测8种人细胞因子的费用仅为ELISA的1/17,样品用量仅为后者的1/20,因此大大节省了人力、时间和费用。
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3.2 检测SNP
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP) 是指在基因组水平上由于单个核苷酸改变所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种,占所有已知遗传多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在,平均每500~1 000个碱基对中就有1个,估计其总数可达300万个甚至更多。随着人类基因组计划的完成,基因组多态性研究,尤其是SNP检测,已经成为一个重要的研究热点。
利用液相芯片技术进行SNP分析的研究报道已有很多,在此平台上可应用多种不同的SNP基因型分析方法,如单碱基链延伸法(single base chain extension,SBCE)、等位基因特异性引物延伸法(allele specific primer extension,ASPE)、寡核苷酸连接法、直接杂交法、竞争杂交法等。
采用液相芯片技术进行SNP分析,96孔板上每孔可检测50种SNP,仪器分析96个孔的数据只需1小时,这样每台仪器每天(8h)可完成30 000个以上基因型的检测,每个SNP的平均检测费用据估算不到$0.20(不包含PCR费用),并且主要取决于SNP数目、联检项目数量、标本数量、人力和试剂费用等因素。因此,用液相芯片进行SNP分析比DNA测序或者基因芯片操作简便、快速、高效、准确、重复性好、通量高、费用低,而且单管反应即可检测多种SNP,在研究SNP与疾病(心血管疾病、肥胖、肿瘤等)发生、法医鉴定等方面具有显著的优势和广阔的应用前景。
Nishihama[4] 为评价有或无冠心病常见危险因素(高血压、高血脂、糖尿病)者基因多态性与心肌梗塞之间的关联,采用液相芯片法(PCR与序列特异性寡核苷酸探针杂交)确定了3 483人(1 192名心肌梗塞患者、2 291名对照)137个候选基因的164种多态性的基因型,发现9种不同的多态性与心肌梗塞显著相关(P<0.005),冠心病常见危险因素不同者其心肌梗塞相关基因多态性也不同。
目前也已推出用于SNP检测的液相芯片试剂盒,如Tm Bioscience公司有用于临床同时检测因子V Leiden突变(G1691A)、凝血酶原(G 20 210 A)、MTHFR C677T和MTHFR A1 298 C突变、检测导致囊性纤维化的CFTR基因突变的遗传性疾病检测试剂盒(囊性纤维化检测试剂盒是被FDA批准的首个人类疾病多重基因分型体外诊断试剂),很适合用于高通量临床基因分型。Marligen Biosciences公司的YSNP鉴定系统和线粒体DNA筛选系统可分别检测人Y染色体上的96种SNP和人线粒体DNA超变区的30种SNP。
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3.3 检测病原体和诊断感染性疾病
应用液相芯片技术不仅可用免疫学方法检测机体感染病原体(包括病毒、细菌、真菌、寄生虫等)后产生的血清抗体,或直接检测病原体抗原,也可在基因水平上检测病原体的核酸,其用途十分广泛,如血清学诊断、病原体分型、疫苗效力评价、食品安全、环境监测、生物反恐等。这方面的研究报道很多,一般都将液相芯片和传统的金标准ELISA法进行检测结果比较。
3.3.1 血清学诊断 检测抗病原体特异性抗体时一般采用间接法,即将病原体抗原(蛋白或多糖)交联在微球上,与样品中的相应抗体结合后,加入藻红蛋白标记的抗人IgG或IgM.
Lukacs[5] 制备了抗原交联微球,不需洗涤步骤即可同时检测新生儿干血斑标本中的乙肝表面抗原、HIV 1 p24、gp41抗体和丙型肝炎病毒NS3、NS4、核心抗原的抗体。Martins[6]在微球上交联A组链球菌的9种不同抗原(包括2种非特异性细胞外抗原、3种特异性抗原和4种与急性风湿热有关的组织抗原),定量分析患者感染A组链球菌后血清中的抗体反应。该方法仅需5 μl血清,90 min即完成分析,对链球菌溶血素O(SLO)、DNaseB的测定结果与传统方法100%相符,而且特异、灵敏,可检测浓度1 ng/ml以下的抗体。Kuller[7]直接在微球上交联全病毒抗原,用液相芯片技术检测恒河猴血浆中的抗病毒IgG抗体,以筛选未感染猴D型逆转录病毒、猴T淋巴细胞趋向性病毒、猴疱疹病毒1型、猴免疫缺陷病毒的SPF动物,并与ELISA比较检测灵敏性、特异性、交叉反应性和通量。
结果表明,这两种方法的检测结果高度相关(相关系数 r 为0.98~0.99),液相芯片灵敏度更高,却又不影响其特异性(达100%),不产生交叉反应,而且由于该方法的假阳性率低,因而可减少需用Western确证的血清样品数量。在时间方面,用液相芯片同时检测样品中抗4种病毒抗体所需的时间与ELISA检测抗单种病毒抗体所需时间相等。因此液相芯片在灵敏度、稳定性、通量等检测性能方面较ELISA更胜一筹。此外还有用液相芯片技术检测鼠疫杆菌、炭疽杆菌、EB病毒、西尼罗河病毒、流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、弓形体、小隐孢子虫等病原体特异性抗体的报道。
3.3.2 病原体的检测和分型 人乳头瘤病毒(HPV)可导致宫颈癌,宫颈癌是妇女的第二大肿瘤,每年死亡人数近250 000人。HPV感染后患宫颈癌的危险性与病毒型别有关。Schmitt[8]采用液相芯片技术实现了在一个反应中同时对22种高危型和低危型生殖道HPV的基因分型,它是通过PCR以及与交联在微球上的型特异性探针杂交而完成。其批间变异系数<10%,最低检测限为100~800 pg PCR产物。
该方法与反向线点杂交法对94个临床标本的检测结果相符,而灵敏度更高。Wallac[9]也通过类似方法同时高通量、快速检测45种生殖道HPV的基因型。由于液相芯片法对检测HPV混合感染非常有效,因此十分适合用于常规诊断、大规模流行病学调查、肿瘤筛查、监测治疗干预效果及疫苗试验中评价疫苗效果等。Borucki[10]在液相芯片技术中引入了DNA树形大分子(dendrimer)信号放大方法,只使用基因组DNA即对单核细胞增生性李斯特菌菌株进行了血清型鉴定,该方法不需PCR扩增,而且与多重PCR不同的是,它易于通过设计更多针对不同区域的探针序列而提高分型的分辨率。
Straub[11]先采取自动化的免疫磁珠分离技术从样品中分离大肠杆菌O157:H7、沙门氏菌、志贺氏菌,然后通过标记引物进行多重PCR,最后用液相基因芯片同时检测上述三种细菌。结果表明其检测限为100个菌/种。
用液相芯片技术进行病原体基因检测和分型鉴定可将核酸杂交分析的特异性、可靠性及液相芯片技术的快速、灵敏性结合起来,PCR 1 h后即可完成鉴定,能精确区分相差一个核苷酸的不同种属细菌,灵敏度达到101~103基因组拷贝或<1 pg DNA。
3.3.3 疫苗效力评价 在用于疫苗临床试验,尤其是评价多价疫苗接种后的免疫应答反应方面,液相芯片技术非常适合同时测定同一血清样本中的多种微生物或多种血清型的特异抗体,与传统的ELISA相比,在检测结果上相关性好,更加灵敏,最低检测浓度可比ELISA低100倍,动态检测范围更宽,不必检测多种稀释度的血清,从而可提高检测的准确性,更能大大减少操作和时间,节约样品用量和费用。
Villa[12]用液相芯片法在一项随机、双盲、安慰剂对照的多中心Ⅱ期试验中测定特异抗体水平,评价预防性四价HPV疫苗(HPV 6、11、16、18)的效果。Komatsu[13]用液相芯片技术检测肿瘤患者经肿瘤肽疫苗免疫接种后的血清抗肽抗体水平,该方法可迅速、准确地测定这6种抗肽抗体,检测结果与ELISA大致相同,它不仅与ELISA同样灵敏,而且血清样品用量少,检测成本低,耗时短。以检测100种抗肽抗体计算,液相芯片仅需血清1.5 μl,而ELISA需要900 μl;此外,液相芯片成本大约为ELISA的1/10,而检测1000名患者血清所需时间仅为ELISA的1/240。还有许多其它相关研究,如同时定量检测破伤风、白喉类毒素、流感嗜血杆菌B型多糖血清抗体,4种脑膜炎球菌血清型的血清IgG,23种肺炎球菌荚膜多糖血清型特异性IgG抗体等。
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3.4 HLA分型
人类白细胞抗原(HLA)是目前所知人体最复杂的遗传多态系统,HLA不但与个体对某些疾病(如强直性脊柱炎)的易感性有关,其最重要的用途还在于器官移植之前的组织配型。传统的血清学和细胞学配型检测方法耗时较长,难以快速向临床医生报告结果,而液相芯片技术为其提供了一个更好的选择,既可以用血清学方法检测抗HLA抗体,也可用分子生物学方法直接检测等位基因。
利用液相芯片技术进行HLA血清学分型的灵敏度高于ELISA,而且还具有ELISA所不能比拟的高通量、省时和高效率,如ELISA 3 h仅能检测10个标本,而液相芯片可做94个标本,非常适用于临床。
目前市场上用于组织配型的商品化体外诊断试剂盒有One Lambda 公司的LABScreen、Orchid Diagnostics公司的LifeMatch ID ClassⅠ/Ⅱ试剂盒、Tepnel Lifecodes公司的Lifecodes ClassⅠ/Ⅱ ID等,其原理是在微球上交联各种纯化抗原,检测人血清中的HLA Ⅰ类和Ⅱ类抗体。有研究认为液相芯片法检测抗体的灵敏度优于ELISA、补体介导的微量细胞毒试验和流式细胞术。因此,利用液相芯片进行HLA抗体研究的方法在临床上得到了广泛应用,如Zhang[14]通过监测同种异体肾移植患者移植术后抗供体HLA抗体的产生,认为该抗体的产生与急性体液排斥反应及肾移植物早期功能障碍强烈相关。
利用液相芯片进行HLA基因分型的报道也不少见。Itoh[15]利用在微球上交联的寡核苷酸探针做PCR SSOP进行了HLA A、 B、 C和DRB1位点的高通量DNA分型,对1018名日本志愿者的DNA分析结果表明,该方法与核苷酸测序法相比,其准确率>99.9%,96个标本从提取DNA到确定4个HLA位点的基因型仅需5 h,是一种高通量、简单、快速的HLA分型方法。在商品化试剂盒方面,One Lambda 公司的LABType SSO以及Tepnel Lifecodes公司的LifeMatch HLA SSO 分型检测试剂盒即是将生物素标记的PCR靶片段与交联于微球上的序列特异性寡核苷酸探针进行杂交,可检测出HLA A、B、C、DP、DQB1、DRB1、DRB3、4、5位点上的等位基因。
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3.5 分析基因表达
Flagella[16]采用支链DNA(branched DNA)与液相芯片技术相结合的方法,直接从细胞裂解物、组织匀浆中定量检测10种基因的mRNA表达情况,并可区分同源性大于95%的基因。该方法无需RNA纯化或者靶基因扩增过程,而用支链DNA放大信号。其特异性高,交叉反应<0.2%,检测灵敏度为25 000个RNA转录本。
小分子RNA(miRNA)是一组保守的单链短RNA,约22个核苷酸长度,它们具有重要的基因表达调控作用,是目前各国学者的研究热点。Lu[17]用液相芯片技术对来自334个标本(包括多种人类肿瘤)的217种哺乳动物miRNA进行了表达分析。
观察到miRNA表达谱可反映出肿瘤的细胞来源及分化状态,肿瘤中的miRNA较之正常组织通常下调。作者将miRNA表达谱成功用于对分化不良的肿瘤进行分类,而mRNA表达谱用于同一标本时却非常不准确。这些发现说明miRNA表达谱具有用于肿瘤诊断的潜力。此外,分析肿瘤相对于正常组织miRNA表达谱的变化还可筛选出感兴趣的miRNA,以深入探讨其在肿瘤发生发展中的作用。孙凯[18] 应用液相芯片技术进行肝细胞癌(HCC)及毗邻癌旁组织中miRNA表达谱差异分析,并选取部分筛选出的差异表达miRNA,以半定量逆转录 聚合酶链反应(RT PCR)和Western blot分析其相对应的靶mRNA和目的蛋白表达状况。作者认为液相芯片筛选差异表达miRNA可为研究HCC发病机制和诊断治疗提供新的思路。
3.6 研究细胞信号转导途径
Mu[19]为研究resistin是否对人内皮细胞有直接作用,将人冠状动脉内皮细胞(HCAEC)用无血清培养基培养后,用resistin处理,然后取细胞裂解液用Bio Rad公司的“磷酸化蛋白和总靶蛋白检测试剂盒”分析MAPK磷酸化蛋白和总蛋白,以二者的比值评价MAPK的磷酸化状态。结果表明,人resistin可通过活化ERK 1/2、p38信号转导途径而诱导HCAEC增殖和迁移,提示人resistin可能在与血管发生有关的血管疾病中发挥作用。Sakai[20]为研究缺失突变的EGFR(表皮生长因子受体)的生物学作用,将转染EGFR的293细胞、人非小细胞肺癌细胞系A549、PC 9细胞在加入EGF培养后,取细胞裂解液用上述磷酸化蛋白检测试剂盒定量分析EGFR、p44/42 MAPK、p38 MAPK、ATF 2、JNK、IКB α、STAT 3的磷酸化蛋白,以确定这些细胞经EGF刺激后的下游细胞信号转导机制。
除了上述应用以外,液相芯片技术还可用于筛选过敏原、检测自身抗体、肿瘤标志物[21]及其他生物标志物分子、研究酶/底物、DNA 蛋白相互作用、蛋白 蛋白等分子相互作用、分析蛋白表达等方面。
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4 小结
液相芯片技术以其高通量、准确、快速、灵敏、特异、多重检测、操作简便、可定性定量等显著优点成为一种极具吸引力的大规模生物检测平台,几乎可用于任何分子相互作用的检测。可以预见,随着高特异性、高亲和力抗体的产生以及微球、分析仪器和软件的不断发展改进,能同时检测的指标数目还将不断增加,灵敏度也将不断提高,并逐渐实现仪器微型化和操作自动化,该技术不仅将丰富生命科学研究的实验手段,大大推进基础研究进程,还将在临床诊断、高通量药物筛选、环境监测、农业检测、法医学等领域中掀起一场技术革命。
【参考文献】[1]de Jager W, Prakken BJ, Bijlsma JW, et al. Improved Multiplex Immunoassay Performance in Human Plasma and Synovial Fluid Following Removal of Interfering Heterophilic Antibodies [J]. J Immunol Methods, 2005, 300(12):124135.[2]Funding M, Hansen TK, Gjedsted J, et al. Simultaneous Quantification of 17 Immune Mediators in Aqueous Humour from Patients with Corneal Rejection [J]. Acta Ophthalmol Scand, 2006, 84(6):759765.[3]Szodoray P, Alex P, Brun JG, et al. Circulating Cytokines in Primary Sjogren's Syndrome Determined by a Multiplex Cytokine Array System [J]. Scand J Immunol, 2004, 59(6):592599.[4]Nishihama K, Yamada Y, Matsuo H, et al. Association of Gene Polymorphisms with Myocardial Infarction in Individuals with or Without Conventional Coronary Risk Factors [J]. Int J Mole Med, 2007, 19(1):129141.[5]Lukacs Z, Dietrich A, Ganschow R, et al. Simultaneous Determination of HIV Antibodies, Hepatitis C Antibodies, and Hepatitis B Antigens in Dried Blood Spots a Feasibility Study Using a Multi analyte Immunoassay [J]. Clin Chem Lab Med, 2005, 43(2):141145.[6]Martins TB, Augustine NH, Hill HR. Development of a Multiplexed Fluorescent Immunoassay for the Quantitation of Antibody Responses to Group A Streptococci [J]. J Immunol Methods, 2006, 316(12):97106.[7]Kuller L, Watanabe R, Anderson D, et al. Development of a Whole virus Multiplex Flow Cytometric Assay for Antibody Screening of a Specific Pathogen free Primate Colony [J]. Diagn Microbiol Infect Dis, 2005, 53(3):185193.[8]Schmitt M, Bravo IG, Snijders PJ, et al. Bead based Multiplex Genotyping of Human Papillomaviruses [J]. J Clin Microbiol, 2006, 44(2):504 512.[9]Wallace J, Woda BA, Pihan G. Facile, Comprehensive, High throughput Genotyping of Human Genital Papillomaviruses Using Spectrally Addressable Liquid Bead Microarrays [J]. Journal of Molecular Diagnostics, 2005, 7:72 80.[10]Borucki MK, Reynolds J, Call DR, et al. Suspension Microarray with Dendrimer Signal Amplification Allows Direct and High throughput Subtyping of Listeria Monocytogenes from Genomic DNA [J]. J Clin Microbiol, 2005, 43(7):3 255 3 259.[11]Straub TM, Dockendorff BP, Quinonez Diaz MD, et al. Automated Methods for Multiplexed Pathogen Detection [J]. J Microbiol Methods, 2005, 62(3):303 316[12]Villa LL, Costa RL, Petta CA, et al. Prophylactic Quadrivalent Human Papillomavirus (types 6, 11, 16, and 18) L1 Virus like Particle Vaccine in Young Women: a Randomised Double blind Placebo controlled Multicentre Phase Ⅱ Efficacy Rrial [J]. Lancet Oncol, 2005, 6(5):256 257.[13]Komatsu N, Shichijo S, Nakagawa M, et al. New Multiplexed Flow Cytometric Assay to Measure Anti peptide Antibody: a Novel Tool for Monitoring Immune Responses to Peptides Used for Immunization [J]. Scandinavian Journal of Clinical and Laboratory Investigation, 2004, 64:535 546.[14]Zhang Q, Liang LW, Gjertson DW, et al. Development of Posttransplant Antidonor HLA Antibodies Is Associated with Acute Humoral Rejection and Early Graft Dysfunction [J]. Transplantation, 2005, 79 (5):591 598.[15]Itoh Y, Mizuki N, Shimada T, et al. High throughput DNA Typing of HLA A, B, C, and DRB1 Loci by a PCR SSOP Luminex Method in the Japanese Population [J]. Immunogenetics, 2005, 57(10):717 729.[16]Flagella M, Bui S, Zheng Z, et al. A Multiplex Branched DNA Assay for Parallel Quantitative Gene Expression Profiling [J]. Anal Biochem, 2006, 352(1):50 60.[17]Lu J, Getz G, Miska EA, et al. MicroRNA Expression Profiles Classify Human Cancers [J]. Nature, 2005, 435: 834 838.[18]孙凯,黄晓卉,甄茂川,等.应用液相芯片分析肝细胞癌及癌旁组织小分子RNA表达谱差异 [J]. 中华实验外科杂志, 2006, 23 (8):945 947.[19]Mu H, Ohashi R, Yan S, et al. Adipokine Resistin Promotes in Vitro Angiogenesis of Human Endothelial Cells [J]. Cardiovasc Res, 2006, 70(1):146 157.[20]Sakai K, Arao T, Shimoyama T, et al. Dimerization and the Signal Transduction Pathway of a Small In frame Deletion in the Epidermal Growth Factor Receptor [J]. FASEB J, 2006, 20(2):311 313.[21]陈玮,李明,吴英松,等.用液相芯片技术定量测定人血清CEA、AFP和HBsAg [J]. 中山大学学报, 2007, 28(1):105 109.
我国科研团队研制出柑橘液相育种芯片
科学城种质创制大科学中心获悉,国家柑橘品种改良中心研制的柑橘液相育种芯片日前获得国家发明专利授权。
育种芯片是生物育种体系中种质资源基因型检测的重要工具,在农作物遗传改良与育种研究中发挥重要作用。为提高柑橘育种效率、加快柑橘育种进程,开发一款经济、高效的基因分型芯片十分必要。
该科研团队研究员陈善春、何永睿和副教授李强等成员以国家柑橘种质资源圃300多个代表性柑橘品种为材料,通过深度重测序筛选出4万余个核心SNP位点。同时,加入了数千个与柑橘重要性状紧密关联的SNP位点,利用博瑞迪生物的靶向捕获技术开发了柑橘全基因组40K液相育种芯片橘芯1号。
陈善春说,橘芯1号液相芯片的使用将为开展柑橘生物育种,开发柑橘全基因组选择育种平台打下基础,有助于提高育种效率,在培育高产、优质的柑橘新品种方面具有巨大的应用前景。(新华社)
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